1.咽部邻近的上呼吸道病变
如鼻腔、副鼻窦、鼻咽部的慢性炎症，由于炎症分泌物通过后鼻孔流回咽部，可刺激咽部粘膜；慢性鼻炎、鼻中隔偏曲、慢性鼻窦炎、腺样体肥大、打鼾或鼻腔、副鼻窦、鼻咽部占位病变等。影响鼻腔通气，引起长期张口呼吸，引起咽部粘膜长期过干，导致慢性咽炎；慢性扁桃体炎的慢性炎症可直接扩散到咽后壁，引起慢性咽炎；如果口腔炎症不能及时控制，还会随着炎症的扩散导致慢性咽炎。
2.气候及地域环境变化
温湿度变化、空气质量差、烟酒刺激、辛辣食物、灰尘、有害气体、放射性辐射也是慢性咽炎的病因。
3.职业因素
教师、歌手等长期重声使用者，以及易受身体因素影响的人，也会引发这种疾病。
4.全身因素
如贫血、消化不良、胃食管反流、心脏病(血液循环障碍引起咽部局部充血)、慢性支气管炎、支气管哮喘、风湿、肝肾疾病等。也会引起慢性咽炎。内分泌紊乱、植物神经紊乱、念珠藻和白喉样杆菌感染、维生素缺乏、免疫功能障碍都与萎缩性干咽炎有关。
